导语：解析抗体反应谱（antibody reactome）能够为自身免疫性、病原免疫、抗原暴露和过敏反应等领域的研究提供深刻的见解。这对于生物标志物的发现、临床诊断、疾病治疗的预后评估以及群体水平的免疫洞察至关重要。新兴的噬菌体展示免疫共沉淀测序技术（PhIP-seq）作为一种高通量技术，可以高效识别抗体谱表位及抗原信息。该技术通过设计多肽库并与噬菌体结合，最终在噬菌体表面展示多肽，研究者可以通过免疫沉淀与总抗体结合，后续对抗体结合的噬菌体DNA片段进行测序，从而解决科学问题。

上海交通大学系统生物医学研究院副院长、抗码生物科技有限公司创始人陶生策教授在《Molecular & Cellular Proteomics》杂志上发表了题为《Phage immunoprecipitation and sequencing— a versatile technique for mapping the antibody reactome》的综述文章，全面总结了PhIP-seq技术的发展历程、现状、应用及未来趋势。

噬菌体展示文库构建及数据分析

应用PhIP-seq技术的第一步是选择或构建合适的多肽文库。文章详细总结了现有文献中各类噬菌体展示肽库，包括人蛋白质组、病毒、细菌真菌等，这些库能够满足多种研究需求。此外，现有的数据分析方法也已被总结，包括计算广义泊松分布、Z-Score模型，以及近期出现的贝叶斯富集估计算法等。

PhIP-seq技术的应用场景

1. **免疫系统失调**：PhIP-seq适用于识别与自身免疫性、神经退行性疾病、癌症和感染相关的生物标志物，通过血清学检测诊断疾病或区分治疗和愈后结果的生物标志物，对临床应用极具价值。

2. **确定抗原公共表位**：通过研究免疫系统的抗原表位，我们能够深入了解个体免疫系统在感染史中的作用，为感染性疾病的诊断提供帮助，并探讨感染与其他疾病的关联。

3. **细胞疗法对抗体表位的影响**：机体的抗体表位信息可评估B细胞耗竭疗法的影响强度。

4. **病毒感染疾病的研究**：通过VirScan检测相关人群的自身抗体谱，揭示针对特定病毒的特异性富集抗体。

5. **过敏相关研究**：PhIP-seq技术可解析IgE和IgG的表位信息，以确定过敏原。

此外，PhIP-seq在消化道领域（如肠道菌群覆盖抗原库）以及母传抗体、疫苗研究等方面也取得了显著成果。在大规模队列研究中，PhIP-seq的结果为生物信息学和机器学习方法提供了广阔的应用空间。比如，基于VirScan结果的抗病毒抗体反应解卷积算法AVARDA，能够通过与人源病毒序列比对，评估既往病毒感染史。

PhIP-seq技术展望

过去十年，PhIP-seq技术得到广泛关注与应用，其技术的发展与标准化将进一步提升其吸引力。我们相信，PhIP-seq将在未来更多地融入大型队列的多组学研究中，因为这不仅是生物医学研究与资助的趋势，也是PhIP-seq技术本身的优势所在。

公司介绍

上海抗码芯瑞生物科技有限公司（简称“抗码芯瑞”）由上海交通大学知名教授创立，专注于蛋白组和抗体组领域的研究，已有超过20年的历史。公司致力于前沿抗体组学技术的开发与成果转化，建立了PhIP-seq技术平台，定制多种抗原组库，并提供个性化的抗原建库服务。抗码芯瑞借助PhIP-seq平台提供高通量筛选、数据分析及后续验证等技术服务，全方位支持抗体组学研究.